Tartu Puuetega Inimeste Koja kui katusorganisatsiooni liikmeteks ei ole üksikisikud. Koja liikmeteks on erinevad puudega inimeste ühendused. Ühenduste põhiülesandeks on aidata kaasa konkreetse puudespetsiifikaga seotud probleemidele lahenduste leidmisel.
- Tartumaa Afaasiaühing
- Tartu Allergia- ja astmaühendus
- Tartu Autismiühing
- MTÜ CP ja Liitpuudega Inimeste Perede Ühing
- Tartu Diabeetikute Selts
- Tartu Epilepsiaühendus
- Tartu Puuetega Eakate Ühing “Halastus”
- Tartu Kopsuhaigete Selts
- Tartumaa Kurtide Ühing
- Tartumaa Kutsehaigete Ühing
- Tartu Neeruhaigete Selts
- Tartu Nägemisvaegurite Arenduskeskus
- Tartu Parkinsoni Haiguse Selts
- Lõuna-Eesti Pimedate Ühing
- Tartumaa Puudega Laste, Noorte ja nende Vanemate Ühendus
- Liigesehaigete Laste Ühing
- Tartu Reumaühing
- Tartu SM Ühing
- Tartumaa Liikumispuudega Inimeste Ühing
- Tartumaa Vaegkuuljate Ühing
- Lõuna-Eesti Vähiühing
- MTÜ Tartu Maarja Tugikeskus
- MTÜ EPITÜ Lõuna-Eesti
- Elva Puuetega Inimeste Ühing
- AS Hoolekandeteenused